Фактичною вважається перевірка, що здійснюється за місцем фактичного провадження платником податків діяльності, розташування господарських або інших об’єктів права власності такого платника. Перевірка здійснюється контролюючим органом щодо дотримання норм законодавства з питань регулювання обігу готівки, порядку здійснення платниками податків розрахункових операцій, ведення касових операцій, наявності ліцензій, свідоцтв, у тому числі про виробництво та обіг підакцизних товарів, дотримання роботодавцем законодавства щодо укладення трудового договору, оформлення трудових відносин з працівниками (найманими особами).

Фактична перевірка може проводитися на підставі рішення керівника контролюючого органу, оформленого наказом, копія якого вручається платнику податків або його уповноваженому представнику, або особам, які фактично проводять розрахункові операції, під розписку до початку проведення такої перевірки, та за наявності, зокрема такої підстави, як виявлення за результатами попередньої перевірки порушення законодавства з вищеозначених питань.

Згідно зі ст. 61 Конституції України ніхто не може бути двічі притягнений до юридичної відповідальності одного виду за одне й те ж правопорушення. При здійсненні фактичних перевірок контролюючі органи мають право перевіряти періоди, які вже були перевірені за наявності законодавчо визначених підстав для такої перевірки.